C# と VB.NET の質問掲示板

OS:WindowsXP
開発環境:CDT + Cygwin

次のような階層構造を持つCプロジェクトがあります。

/root ┬ /include ─ head.h
　　　├ /bin
　　　└ /source ┬ /subSystem_A ┬ /app_A ┬ /include ─ app_A.h
　　　　　　　　 │ 　　　　　　 │ 　　　 ├ /source ┬ appA1.c
　　　　　　　　 │ 　　　　　　 │ 　　　 │ 　　　　├ appA2.c
　　　　　　　　 │ 　　　　　　 │ 　　　 │ 　　　　└ appA3.c
　　　　　　　　 │　 　　　　　 │ 　　　 │
　　　　　　　　 │ 　　　　　　 │　 　　 └ makefile(*1)
　　　  　　　　 │　　　　　　　│
　　　　　　　　 │ 　　　　　　 ├ /app_B ─ …
　　　　　　　　 │ 　　　　　　 ├ /app_C ─ …
　　　　　　　　 │　　　　　　　├ …
　　　　　　　　 │　　　　　　　└ makefile(*2)
　　　　　　　　 │
　　　  　　　　 ├ /subSystem_B ─ …
　　　  　　　　 ├ /subSystem_C ─ …
　　　　　　　　 …
　　　　　　　　 └ /common ┬ /include ─ com.h
　　　　　　　　　　　　　　└ /source ─ com.c


・各サブシステム、それにぶら下がる各アプリケーション1つ1つにmakefileを配置します。
・各アプリのmakefileは、各々のexeが作られるように記述します。
・各アプリは、上層階層の定義などと依存関係があります。

これをeclipse(CDT)上に、rootをプロジェクトフォルダとして作成しました。
このとき、例えば(*1)のmakefileを実行し、app_A/app_A.exeを作り、app_A.exeをデバック・実行する。
この作業を、この階層のままeclipse上で行いたいのです。
このようなときに、それぞれのmakefileはどのように記述すればいいのでしょうか。調べてもどうしてもわからず、困っています。

よろしくお願いします。