C# と VB.NET の質問掲示板

■No84264 (アルバトロスさん) に返信
> それとも「信頼されたルート証明機関から購入した証明書」のことでしょうか？

基本的にこれしかありません。
なお、通常のコードサインニング証明書の場合、一定の評価が貯まるまでは同じように警告されます。
EV 証明書だと最初から高評価となるそうですが、法人しか取得できない、VS2015 + .NET 4.6 が必要となるので場合によっては難しいかもしれませんね。

参考
https://blogs.msdn.microsoft.com/jpvsblog/2016/10/12/evcodesign-clickonce/
https://jp.globalsign.com/service/codesign/knowledge/smartscreen.html

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