Form の AutoScaleMode には何が設定されていますか? AutoScaleMode が Font の時に、親コントロールの Font を変更した場合、 その上に載っているコントロールのサイズが追従して変化する可能性があります。
プログラムは Form1 から開始していますか? それとも Sub Main から開始させていますか? Sub Main から始めている場合や、「アプリケーション フレームワークを有効にする」を Off にしている場合は、 最初のフォームをロードする前に、 Application.EnableVisualStyles() Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(False) を呼び出しておかないと、既定のデザインとは違ってしまうことになります。