web.configの<probing> 要素を指定する事で、追加で検索されるAssemblyのディレクトリを指定する事ができます。
http://msdn2.microsoft.com/ja-jp/library/823z9h8w(VS.80).aspx
（Referenceは、.NET Fx2.0のものですが.NET Fx1.1でもだいたい同じだったはずです。）
ただし、probingで指定できるのは"アプリケーションフォルダのサブフォルダのみ"であるため期待する様な
"アプリケーションフォルダとは別のフォルダをAssmblyの検索対象にする"事は出来ません。
これは確か、セキュリティ上の問題で、
サーバー上の物理或いは論理フォルダ構造をたどる場合、
アプリケーション自身の上位フォルダやその他のフォルダを検索対象にしない事になっているから、
だったかと思います。
実際問題としては、期待するようなフォルダ構成での配置は出来ませんので
(1)確実に複数のアプリケーションで共有したいのであれば、GACに登録する。
(2)共通ではあるものの、使用されるアプリケーションによってバージョンが異なる場合が想定される場合には、
アプリケーションフォルダ配下のbinに格納しておく。
のいずれかの運用になるかと思います。
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