C# と VB.NET の質問掲示板

Kazuki さんが仰っているように、スレッドで処理できるならスレッドが一番よいでしょう。
FTP のアプリケーションが .NET 製でないなら、別プロセス起動しか方法はないでしょうね。

例

ConsoleApplication1.exe 
public class Program
{
    public static void Main(string[] args)
    {
        Console.WriteLine("Console Application 1");
        RunAppDomain();
        RunThread();
    }

    private static void RunAppDomain()
    {
        AppDomain domain = AppDomain.CreateDomain("ConsoleApplication2AppDomain");
        domain.Load("ConsoleApplication2");
        domain.ExecuteAssemblyByName("ConsoleApplication2");
    }

    private static void RunThread()
    {
        Thread t = new Thread(Console2Main);
        t.Start();
    }

    private static void Console2Main()
    {
        ConsoleApplication2.Program.Main(null);
    }
}

ConsoleApplication2.exe 
namespace ConsoleApplication2
{
    public class Program
    {
        public static void Main(string[] args)
        {
            Console.WriteLine("Console Application 2");
        }
    }
}