C# と VB.NET の質問掲示板

OS：Vista　使用言語：Java　開発環境：Eclipse3.2

会話ゲームの一部で、
　1.テキストファイルから一行を読み取る
　2.行の先頭のトークンを切り取る
　3.切り取ったトークンを整数に変換する
というメソッド(�@)があり、それとは別に

テキストファイルを出力するメソッド(�A)
があるのですが、以下の問題が発生しました

�T.テキストファイルを手動(メモ帳)で作成すると
　　�Aで出力する際に日本語が文字化けする

�U.プログラム(FileOutputStream)でテキストファイルを作ると
　　文字化けはしないが、�@の3の手順で
　　NumberFormatExceptionが発生する
(FileWriterで作成した場合も同じ結果でした)

「文字化け」と「�Uのエラー」それぞれの解決法は
見つかったのですが、同時に解決する方法がわかりません
何かいい方法があったら教えてください


ーーーーー実行結果
(answerが手動で作ったファイル,testがプログラムから作ったファイル(出力結果))
(zeroは｢String zero="0"｣,sは切り取ったトークン (文字コード))

answer
0,�E�E�E,�E�E�E�H,�H,�H�H�H,
1,�͂�,
2,������,
zero:48
s:48

test
0,・・・,・・・？,？,？？？,
1,はい,
2,いいえ,
zero:48
s:65279

Exception: java.lang.NumberFormatException: For input string: "0"


ーーーーーソース
・�@(try-catch 文内部)
FileInputStream fis=new FileInputStream(file);
InputStreamReader ir=new InputStreamReader(fis);
BufferedReader br=new BufferedReader(ir);
StringTokenizer st;
String str,s;
		
while((str=br.readLine())!=null){
	int c;
	st=new StringTokenizer(str,",");
	s=(String)st.nextElement();

	String zero="0";
	System.out.println("zero:" + (int)(zero.charAt(0)));
	System.out.println("s:" + (int)(s.charAt(0)));

	c=Integer.valueOf(s).intValue();
	
	if(c==code){
		flag=true;
		break;
	}
}

・�A(try-catch 文内部)
FileInputStream fis=new FileInputStream(file);
InputStreamReader ir=new InputStreamReader(fis);
BufferedReader br=new BufferedReader(ir);
String s;
while((s=br.readLine())!=null){
	System.out.println(s);
}
			
br.close();
ir.close();
fis.close();


ーーーーーテキストファイルの中身(両方)
0,・・・,・・・？,？,？？？,
1,はい,
2,いいえ,