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ASP.NET2.0のWebサイト形式であれば、aspx(画面ファイル)、aspx.cs(ソースコード)ともに 変更したらすぐに反映されます。 ※正確には次のリクエスト時です。
Webアプリケーション形式の場合はaspx(画面ファイル)はすぐに反映されます。 aspx.cs(ソースコード)の方はビルド作業が必要です(コンパイルしてdllにした上で配置するため)。
大量にファイルを変更するとアプリごと再起動されます。 といってもとくに意識しないので、アプリケーションの状態が初期化されるという点を除けば大差はありません。 ※どこまでをホットデプロイというのかは微妙ですが。
※いずれにしても、ASP.NET環境にソースで配置していないもの(dllにして配置しているもの)はもちろんビルドしてから配置しなおす必要があります(コピーすれば自動でアプリ再起動)。
IIS起動中にソース変更できなかったというのは、おそらくデバッグ中にソース変更できないようにしているVSの動作じゃないですかね。 VSからはできないようになっているかもしれませんが、ASP.NET環境に置いているソースファイルであれば、変更すればすぐに反映されます。
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